1903年1月30日为癸卯年正月初二日，东京留学生照例在留学生会馆举行新年恳亲会，到会600多人，并有驻日公使蔡钧、留学生监督汪大燮参加。马君武即席演说“排满”，以为“满之为满，为今天下所当共排”，当即引起强烈反响。此后，“排满”之说渐在留日学界流行。与此同时，留日学生发起了一系列反抗日本欺侮中国人的民族歧视的斗争。2月，日本媒体披露，大阪博览会将在人类馆中展出支那等7种人表演风俗习惯。3月，留学生秦毓鎏等人在参观大阪博览会时，发现福建省的产品被陈列在已被日本侵占的台湾馆内。这些侮辱国格的举措遭到留学生们的强烈抗议，并最终迫使博览会主办者改变了做法。紧接着，发生弘文学院与成城学校学生因不满校方无理对待中国学生而罢课、退学的事件。在随后的拒法、拒俄运动中，留学生与国内学界及其他各界人士相互联合，将一场轰轰烈烈的爱国运动推向高潮。
1905年，留日学生人数激增达8000余人。11月2日，日本文部省颁布《关于准许清国人入学之公私立学校之规程》，中国留学生称之为“清国留学生取缔规则”。规则一出，留学生群起抗议，顿时兴起一股反抗风潮。留日学生反“取缔规则”事件以湖南学生陈天华的忧愤蹈海自杀为高潮，最后激变为集体退学归国运动。
