康熙本人对历法了无研究,不能作出决断,但他知道不能用祖宗的规矩来压制西洋的先进的东西。在铲除鳌拜以后,康熙想实事求是地解决这一问题。于是,他一边派传教士南怀仁去推算比较两种历法,一边自己刻苦学习,了解了历法的大概。经过研究和使用,杨光先的历法屡屡出错,因此,康熙废了旧历法,推行新历法,并以实事求是的态度同大臣们讲明道理,较好地解决了新旧历法之争,也显示出了康熙认真求实的态度,为他进一步赢得了威信,群臣都不敢把他当小孩子对待了。
当时最棘手的问题是平定“三藩”,尤其是吴三桂勾结朝臣,收实心腹,对朝廷的钱粮大加挥霍挪用,在云南招兵买马,积极备战,那是早晚必反的。康熙的态度极为明确,那就是坚决削藩,不能姑息养奸。不过,康熙也有自己的打算,他想,叛乱晚发生一天,就对自己有利一分,因为从年龄来讲,自己会一天天地长大,而吴三桂会一天天地老下去,自己会准备得越来越充分,而吴三桂则只会越来越不得人心。
康熙十二年(公元1673年),尚可喜年老多病,把藩事交于其子尚之信代理。尚之信掌权以后,残忍好杀而又多行不义,尚可喜受不了其子的挟持,便上书请求撤藩,要求告老还乡,并让其子袭爵。这一年,康熙十九岁,许多大臣都认为不宜撤藩,但康熙认为这是撤藩的大好时机,当即允许。