6日这天，尼迈里总统从美国返国途中在开罗作短暂的停留，他与埃及总统穆巴拉克在机场会晤后，在走向专机的舷梯旁时，得悉国内发生了军事政变，并免除了他的总统职务。然而他对此似乎早有思想准备，不但没有显示出惊讶、不安、悲伤，而是暂时取消了回国的决定，并向政变领导人发电，对导致他下台的局势表示“理解”，希望能作为一名普通公民的身份返国。
新政府新举措
达哈卜将军接管政权之后，下令逮捕了苏丹前副总统和各部部长，但没有枪杀他们。他还同工会领导人举行了会谈，劝说人们停止罢工和游行，相信新政府有能力解决大家面临的问题。结果十分奏效。国内局势很快恢复了正常。4月9日，达哈卜成立了以他为主席的15人组成的“苏丹过渡军事委员会”，作为全国最高决策和行政机构。新政权表示，在对内政策上，执政当局将优先考虑南方问题，消除旧政权在全国强制推行伊斯兰化所带来的消极影响，维护民族团结和宗教信仰自由，并通过双方直接对话来实现民族大团结。与此同时，政府将进行民主改革，实行多党制，恢复和发展国民经济，改善人民的生活水平。在对外政策上，新政权坚持奉行不结盟政策，强调发展同埃及的特殊关系，同时致力于消除同一些邻国的分歧。此外，达哈卜还重申，军政府执政是暂时的，它将努力在国内创造一种民主气氛，一旦政权稳定，它将通过选举还政于民。4月22日，苏丹成立了以达法拉为总理的16人文官过渡政府，作为军事过渡委员会领导下的一个执行机构，它很快就开始了正常工作。